承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算材料费的计算要把好三关：“划分界限关”――严格按规定划分设备与材料。“价格关”――尤其是大宗材料和对造价影响较大的材料，要根据当地造价部门发布的材料指导价或通过市场调查、网上询价等途径，获取材料的真实价格。“计算关”――审查材料费及运杂费计算的合理性和合规性。分包工程计价的审计。对分包工程预算进行合理准确的计价是真实反映分包工程预算的基础，将工程量计算、定额子目套用及费率计取作为分包工程计价审计的审计重点。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
以报价的合理性以及拟签订合同条款与相关方面的一致性为标准对江苏工程预算控制价进行审核。主要审核方式包括两个方面：①对报价清单的工程量与发标清单进行审核，检验二者的相关内容是否相互佐证、相互符合。对暂列金、暂定价、税金、规费等内容进行审核，检查其是否符合规定的要求。避免投标价格的不合理以及报价的不平衡现象发生。②正常程序中，江苏工程预算文件对拟签订承包条款具有制约性，合同价款必须依据中标文件的造价进行，因此，在江苏工程预算审核的过程中要保证拟签订承包条款与江苏工程预算文件之间具有一致性，合同价款与中标文件的主要造价相符。另外，对江苏工程预算的审核工作还必须注意拟签订合同条款的完整性，不能遗漏江苏工程预算文件要求之外的条款，并要保证其公平性，不能遗漏针对投标不平衡报价的风险控制条款，且要保证其考虑周全。对江苏工程预算控制价进行核实。主要需进行几个步骤：①依据工程设计图纸内容核实清单组价的消耗量。②依据核实过的消耗量定额基价及材料设备信息价核实清单综合单价。③根据费用定额核实各项取费。在进行工程价的审核之前，要先了解把握工程图纸的内容。然后依据具体实施过程中工作的细致程度以及所需的时间，所需的人力资源以及实际的审核人员，结合工程量与工程图纸的难易程度进行审核方法的选择。在进行工程量的审核方案的选取时，要依据科学、合理的原则，依据计量规则由到场的江苏工程预算审核人员进行计量。要加强技术标准在相关工作的审核中的作用。另外，对隐蔽工程的审核，如果缺乏考量的相关对象内容，可以对工程验收记录进行分析。